Målsettingen er at de skal få muligheten til å ta ansvar for sitt eget og familiens liv, bidra i utviklingen av sitt nærmiljø og skape sin egen framtid.

De diakonale prosjektene i de forskjellige landene varierer i omfang og størrelse alt etter målgrupper, samarbeidspartnere, rammebetingelser og Misjonsalliansens historie i det gjeldende land.

Arbeidet på Taiwan og i Japan, to av Misjonsalliansens eldste samarbeidsland, skiller seg klarest fra arbeidet i de andre landene, ikke minst fordi de har utviklet seg til to moderne stater uten den form for fattigdom og slum som finnes i Misjonsalliansens øvrige samarbeidsland.

Misjonsalliansen har Bibelen som rettesnor og utgangspunkt for alt sitt arbeid, enten det dreier seg om landsbyutvikling, mikrokreditt eller kirkesamarbeid. Bibelens budskap er selve grunnlaget og utgangspunktet for Misjonsalliansens eksistens og for alt arbeid som drives i regi av organisasjonen.